class: center, middle, titular background-size: contain <img src="img/see.png" width="250px"/> # **PROGRAMA INTERNACIONAL DE ESTADÍSTICA APLICADA A LA INVESTIGACIÓN CIENTÍFICA (2da. Edición)** ### MÓDULO: SOFTWARES PARA EL MANEJO DE DATOS <br> <br> Linda Cabrera Orellana #### Marzo, 2023 --- #
Contenido del módulo - **Sección 1: Introducción a RStudio.** Instalación de R y RStudio, Posit Cloud, Paquetes, Proyectos y Scripts. - **Sección 2: Generalidades.** Operadores, Variables, Funciones, Ayuda, Proceso del _tidyverse_. - **Sección 3: Estructuras de datos.** Importar datos, Vectores, Data.frames y Listas. - **Sección 4: Tipos de datos.** Numéricos, Caracteres, Factores, Fecha y Hora. - **Sección 5: Manipulación de datos.** Modificar el nombre de las variables, Seleccionar o descartar variables, Operador pipe `%>%`, Filtrar observaciones, Agregar o editar variables, Resumir información, Agrupar o segmentar datos. _**Adicional: Datos relacionales y Datos ordenados.**_ - **Sección 6: Gráficos con `ggplot2`.** Gramática de gráficos, Datos, Estética, Geometría, Facetas, Transformaciones Estadísticas, Coordenadas, Escalas y Temas. - **Sección 7: Análisis exploratorio de datos.** Histogramas, Gráfico de cajas, Gráfico de barras, Gráficos de dispersión, Varias variables numéricas con una categórica. _**Adicional: Gráfico de violín, Gráfico de pastel, Lollipop, Gráfico de cascada**_ - **Sección 8: Comunicando resultados en R.** Introducción a Rmarkdown, Notebooks para ejecutar directamente fragmentos de código de forma interactiva incluyendo gráficos y tablas, Diapositivas para presentaciones (HTML5, LaTeX Beamer o PowerPoint), Formatos de artículos de revistas y libros. _**Adicional: ¿Qué es GitHub?, Conectar RStudio y GitHub.**_ --- #
Horario del módulo - Duración: Del 13 al 30 de marzo de 2023. - Días: 13, 14, 15, 16, 22, 23, 29 y 30 de marzo de 2023. | Hora | Contenido | |:--------:|:--------------| | 19:00 a 20:10 | Bloque 1 | | 20:10 a 20:20 | Receso | | 20:20 a 21:30 | Bloque 2 | --- class: center, middle, titular background-size: contain <img src="img/see.png" width="250px"/> # Sección 1: Introducción a Rstudio ## **PROGRAMA INTERNACIONAL DE ESTADÍSTICA APLICADA A LA INVESTIGACIÓN CIENTÍFICA (2da. Edición)** #### MÓDULO: SOFTWARES PARA EL MANEJO DE DATOS <br> <br> Linda Cabrera Orellana #### Marzo, 2023 --- class: middle, center, inverse
# ¿Qué es R? y ¿Por qué R? --- #
¿Qué es R? Algunos datos importantes que debes conocer acerca de
: .pull-left[ * Fue desarrollado inicialmente por Robert Gentleman y Ross Ihaka del Departamento de Estadística de la Universidad de Auckland en 1993. * Es un lenguaje de programación de análisis de datos. * Es un entorno de software libre y tiene licencia GNU GLP (Licencia Pública General de GNU). ] .pull-right[ <img src="img/open-source.jpg" width="90%" style="display: block; margin: auto;" /> ] .footnote[[A Brief History R: Past and Future History](https://www.stat.auckland.ac.nz/~ihaka/downloads/Interface98.pdf)] --- #
¿Por qué R? .pull-left[ * Es uno de los lenguajes de programación más utilizados en investigación científica. * Integra multitud de paquetes. * Capacidad gráfica. * GUI disponibles gratuitas para R, como [Rcmdr](https://www.youtube.com/watch?v=MPCjXq5-FJI) y [Rattle](https://www.youtube.com/watch?v=ARGfOHPVERc). * Existen varias comunidades en el mundo para fomentar el avance del conocimiento y el uso del lenguaje de programación en R. ] .pull-right[ <img src="img/community.jpg" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] .footnote[ [Top programming languages used in medical research](https://quantifyinghealth.com/programming-languages-popularity-in-research/) || [#30díasdegráficos](https://github.com/sporella/nightingale) || [The R community](https://blog.revolutionanalytics.com/2017/06/r-community.html)] --- class: middle .pull-left[ <br> <br> <br> > *"Cuando comienzas a programar, es fácil sentirte realmente frustrado... Es solo una parte natural de la programación, le sucede a todos y se vuelve cada vez menos con el tiempo. No te culpes. Solo tómate un descanso, haz algo divertido y luego regresa e inténtalo de nuevo más tarde."* > <footer>Hadley Wickham</footer> ] .pull-right[ <img style="border-radius: 50%;" src="https://irsa.umn.edu/sites/irsa.umn.edu/files/2021-03/Hadley%20Wickham%20Headshot.png" width="350px"/> ] .footnote[[R for Data Science](https://es.r4ds.hadley.nz/)] --- class: middle, center, inverse
# Instalación del software --- background-image: url("img/IDE.png") background-size: contain --- # Instalación de R Es necesario realizar la instalación en el mismo orden que se indica aquí, es decir instalar primero R y luego RStudio. 1. Para descargar R, ingresa a CRAN al link [https://cran.rstudio.com/](https://cran.rstudio.com/) y elige el sistema operativo de tu computadora. **CRAN** es un acrónimo de *Comprehensive R Archive Network* (Red integral de archivos R) para el lenguaje de programación R. 2. Si tu sistema operativo es `Windows`, en la siguiente pantalla que te aparece elige la primera opción que indica `base`. Luego haz clic para iniciar la descarga del instalador de la última versión de R para Windows. 3. Si tu sistema operativo es `macOS`, elige la primera opción que indica `R-4.2.2-arm64.pkg` para iniciar la descarga del instalador. 4. Cuando se haya terminado de descargar el instalador, abre el ejecutable, elige el idioma español y sigue todos los pasos para su instalación dando clic en siguiente. Asegúrate que la ruta de instalación no contenga espacios en blancos, ni signos especiales. Este proceso de instalación puede durar algunos minutos. 5. Cuando se haya completado la instalación, para confirmar que se hizo correctamente nos dirigimos a las aplicaciones y hacemos clic en `Inicio -> Todas las aplicaciones -> R -> R X64 4.2.0`. --- # Instalación de RStudio 1. Con R instalado, ahora procederemos a descargar RStudio desde [https://posit.co/download/rstudio-desktop/](https://posit.co/download/rstudio-desktop/). 2. Hacer clic en el ejecutable que se ha descargado e inicia la instalación siguiendo todos los pasos. Para confirmar que la instalación se hizo correctamente nos dirigimos a las aplicaciones y hacemos clic en `RStudio`. <br> # Posit Cloud La plataforma se encuentra en internet y no necesitamos instalar ningún IDE, ni ninguna herramienta como R. Fue liberada en el 2019 por RStudio. 1. Ingresar a Posit Cloud en el link [https://posit.cloud/](https://posit.cloud/). 2. Crear una cuenta en Posit Cloud. --- background-image: url("img/positcloud.png") background-size: contain --- class: middle, center, inverse
# Entendiendo RStudio --- background-image: url("img/entorno2.png") background-size: contain --- #
Entendiendo RStudio .pull-left[ ## **Entorno del espacio de trabajo** * Incluye cualquier objeto definido por el usuario (vectores, matrices, marcos de datos, listas, funciones). ## **Consola** * Se puede codificar directamente, pero no se guardará el código. Puedo ingresar operaciones matemáticas directamente: ```r 8*4 ## [1] 32 ``` ] -- .pull-right[ ## **Archivos de comandos** * Los scripts son documentos de texto con la extensión de archivo `.R`, por ejemplo `mi_script.R`. * Puedo crear un script: 1. Utilizando la ruta `File -> New File -> R Script`. 2. Utilizando el atajo `Ctrl+Shift+N`. * Aparecerá un `*` en scripts no guardados. ] .footnote[[Editing and Executing Code in the RStudio IDE](https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200484448-Editing-and-Executing-Code)] --- #
Entendiendo RStudio .pull-left[ ## **Pantallas varias** * **Archivos:** Le permite ver qué archivos están disponibles en su directorio de trabajo. * **Gráficos:** Mostrará cualquier visualización que produzca su código. * **Paquetes:** Mostrará una lista de todos los paquetes descargados a su computadora y también los que están cargados. * **Ayuda:** Permite buscar temas sobre los que necesita ayuda y también mostrará las respuestas de ayuda. ] -- .pull-right[ ```r plot(c(1,2,3)) ``` <!-- --> ] --- background-color: var(--azul-claro) class: middle, center, inverse
# PAUSA ### No te desconectes, pero si aléjate de las pantallas ### Volvemos en 10 minutos --- class: middle, center, inverse
# Trabajando con paquetes --- .pull-left[ <img style="border-radius: 20%;" src="img/paquetes.png" width="450px"> ] .pull-right[ #
¿Qué son los Paquetes? En R, la unidad fundamental del código compartible es el paquete. Un paquete agrupa código, datos, documentación y pruebas y proporciona un método fácil para compartir con otros. Esquema de R: 1. R base 2. Funciones adicionales con paquetes Debes tener en cuenta que los paquetes: 1. Se instalan en RStudio (solo la primera vez) y, 2. Se cargan en RStudio (cada nueva sesión) ] --- #
Instalando Paquetes .pull-left[ ### **Desde CRAN** Repositorio oficial compuesto de un conjunto de servidores web y ftp mantenidos por la comunidad R a lo largo de todo el mundo. 1. **Por la interfaz gráfica** * Desde la barra de Herramientas, escogemos la opción `Tools -> Install packages...` * Desde el panel de *pantallas varias* en la pestaña de `Packages` 2. **Con código.** ```r install.packages("dplyr") ``` ] .pull-right[ ### **Desde GitHub** ```r install.packages("devtools") devtools::install_github("hadley/babynames") ``` ### **Desde Bioconductor** Se trata de un repositorio específico para bioinformática. Puede revisar más información en [https://www.bioconductor.org/](https://www.bioconductor.org/) ] .footnote[ftp: File Transfer Protocol (la traducción de significa Protocolo de transferencia de archivos) en lugar del HTTP. El servidor FTP sirve para guardar archivos, imágenes e información importante y valiosa.] --- #
Cargando Paquetes Una vez que el paquete se descarga en su computadora, puede acceder a las funciones y recursos proporcionados mediante código: ```r # carga el paquete para usar en la sesión actual de R library(dplyr) # usar una función particular dentro de un paquete sin cargar el paquete filter() ``` También puede cargar los paquetes desde el panel de *pantallas varias* en la pestaña de `Packages`. RStudio compiló una guía con algunos de los mejores paquetes para cargar, manipular, visualizar, analizar e informar datos, que la puedes encontrar en [https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/201057987-Quick-list-of-useful-R-packages](https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/201057987-Quick-list-of-useful-R-packages). --- background-image: url("img/paquetes2.png") background-size: contain --- class: middle, center, inverse
# Creando proyectos y scripts --- .pull-left[ <img style="border-radius: 20%;" src="img/folders2.png" width="500px"> ] .pull-right[ #
Proyectos * Carpetas que contienen los scripts, archivos desde donde se importan los datos y los archivos de proyecto como el .RData (contiene los objetos con los que se está trabajando) y .Rhistory (contiene el historial de comandos). * Cada vez que se abre un proyecto existente, se abren las ventanas que se encontraban activas en ese proyecto. * Para crear un proyecto seguimos los siguientes pasos: `Project -> New Project... -> New Directory -> Empty Project -> "Poner nombre al proyecto y elegir ruta" -> Create Project` * La función `getwd()` sirve para conocer el directorio en el que me encuentro actualmente ] --- background-image: url("img/proyectos.png") background-size: contain --- #
Scripts <img style="border-radius: 20%;" src="img/bakers_2.png" width="500px"> * Para ejecutar código: 1. La línea de código fuente donde reside el cursor, presione `Ctrl+Enter` (o use el botón `Run`). 2. Seleccione varias líneas a la vez y presione `Ctrl+Enter`. 3. Todo el documento, presione `Ctrl+Shift+Enter` (o use el botón `Source`). * Puede comentar y descomentar mediante el elemento de menú `Código -> Comentar/Descommentar líneas` o presiones `Ctrl+Shift+C` o escribiendo el signo numeral. * Para crear secciones utiliza `Ctrl+Shift+R`. --- class: middle, center, inverse <br> <br> # Introducción a RStudio ### Linda Cabrera Orellana .pull-left[ .center[ ### [@socecuest
](https://www.facebook.com/socecuest) ### [@see_estadistica
](https://www.instagram.com/see_estadistica/) ]] .pull-right[ .center[ ### [@see_estadistica
](https://twitter.com/see_estadistica) ### [@sosecuest
](https://t.me/sosecuest) ]]